Los 30 resultados están confirmados por al menos dos fuentes (RSSSF, UEFA). Están solo los partidos de clubes españoles. Los resultados son los del final del partido (con alargue si lo hubo); en los historiales, los definidos por penales cuentan como empate.
Fuentes: UEFA · RSSSF 2012/13
Octavos de final
7 de mar de 2013
Levante0–0RubinIda
14 de mar de 2013
Rubin2–0Levante
LevanteVuelta · con alargue · Global 2-0: pasó Rubin
Dieciseisavos de final (2 cruces)
14 de feb de 2013
Atlético Madrid0–2RubinIda
21 de feb de 2013
Rubin0–1Atlético Madrid
Atlético MadridVuelta · Global 2-1: pasó Rubin
14 de feb de 2013
Levante3–0OlympiacosIda
21 de feb de 2013
Olympiacos0–1Levante
LevanteVuelta · Global 4-0: pasó Levante
Fase de grupos
20 de sept de 2012
Hapoel Tel Aviv0–3Atlético Madrid
Atlético Madrid22 de nov de 2012
Atlético Madrid1–0Hapoel Tel Aviv20 de sept de 2012
Athletic Bilbao1–1H. Kiryat Shmona28 de nov de 2012
H. Kiryat Shmona0–2Athletic Bilbao
Athletic Bilbao20 de sept de 2012
Levante1–0Helsingborg22 de nov de 2012
Helsingborg1–3Levante
Levante4 de oct de 2012
Atlético Madrid1–0Viktoria Plzeň6 de dic de 2012
Viktoria Plzeň1–0Atlético Madrid
Atlético Madrid4 de oct de 2012
Sparta Praha3–1Athletic Bilbao
Athletic Bilbao6 de dic de 2012
Athletic Bilbao0–0Sparta Praha4 de oct de 2012
Hannover2–1Levante
Levante6 de dic de 2012
Levante2–2Hannover25 de oct de 2012
Atlético Madrid2–1Académica8 de nov de 2012
Académica2–0Atlético Madrid
Atlético Madrid25 de oct de 2012
Lyon2–1Athletic Bilbao
Athletic Bilbao8 de nov de 2012
Athletic Bilbao2–3Lyon25 de oct de 2012
Levante3–0Twente8 de nov de 2012
Twente0–0Levante
LevanteRepechaje (2 cruces)
23 de ago de 2012
Athletic Bilbao6–0HJKIda
30 de ago de 2012
HJK3–3Athletic Bilbao
Athletic BilbaoVuelta · Global 9-3: pasó Athletic Bilbao
23 de ago de 2012
Motherwell0–2Levante
LevanteIda
30 de ago de 2012
Levante1–0MotherwellVuelta · Global 3-0: pasó Levante
Tercera ronda previa
2 de ago de 2012
Athletic Bilbao3–1SlavenIda
9 de ago de 2012
Slaven2–1Athletic Bilbao
Athletic BilbaoVuelta · Global 4-3: pasó Athletic Bilbao